Toda persona natural ú organización con personería jurídica que conozca una amenaza al uso sostenible del agua, o sufra las consecuencias del abuso en el manejo del recurso, puede presentar una denuncia ante el TLA. Las acusaciones deben estar debidamente respaldadas con el suficiente sustento jurídico, pruebas científicas y técnicas que demuestren los posibles impactos en el ambiente. Pueden ser denunciadas todas las personas o empresas que en sus procesos productivos contaminen, usen irracionalmente el agua o amenacen la preservación del recurso. Asimismo, pueden ser objeto de denuncia aquellas instituciones públicas cuyas acciones u omisiones favorezcan estas prácticas. Los detalles del protocolo para la presentación de casos se encuentran en el Manual de Procedimientos del Tribunal Latinoamericano del Agua. El jurado de la audiencia de juzgamiento es multidisciplinario. Está integrado por personalidades de América Latina y otros continentes. El jurado lo integran personas de reconocida trayectoria profesional y condiciónes morales de conocimiento publico. En tal carácter, los miembros seleccionados para formar parte del jurado son personas que se han destacado en la función pública, en la educación o en la ciencia. Los miembros del jurado se comprometen a: • Analizar las denuncias. • Acudir a las audiencias. • Emitir sentencias. • Formular recomendaciones.

La comisión científico – técnica del Tribunal Latinoamericano del Agua está a cargo de la evaluación y selección de los casos presentados. Está constituida por un equipo multidisciplinario que efectúa un minucioso estudio a fin de elegir las causas más representativas y mejor fundamentadas, para llevarlas a una audiencia de juzgamiento. Los casos que llegan a esa instancia son aquellos que ponen en peligro los cuerpos de agua y sus cuencas, cuando son particularmente relevantes para la preservación de la vida humana de presentes y futuras generaciones y del ambiente. Las denuncias que no son llevadas ante la audiencia de juzgamiento son igualmente investigadas. En estos casos se facilita la capacitación y el asesoramiento a los denunciantes para promover la resolución del conflicto. La audiencia de juzgamiento es una actividad pública donde se dan a conocer los distintos casos en los que la actividad humana puede amenazar la disponibilidad de agua en la región latinoamericana. Las denuncias son expuestas por organizaciones cívicas de los distintos países centroamericanos, y analizadas por un jurado de notables especialistas en varias disciplinas. La audiencia de juzgamiento es la actividad de más elevado perfil del Tribunal Latinoamericano del Agua (TLA). Es un evento público en donde se dan a conocer y se evalúan los distintos casos que involucran el mal manejo del agua, los cuales fueron previamente elegidos por la comisión científico-técnica del TLA. En la audiencia, ambas partes tienen la oportunidad de ser oídas y de defender sus puntos de vista. Los protocolos del evento son similares a los de un juicio oral del derecho ordinario.